食物不耐烦的早期症状表现为打嗝、肠胃不适、便秘、失眠、情绪不稳定、体力不支、疲倦、焦虑、慢性疼痛、体温变化、体重变化或对运动的耐受性变差等，这些症状是身体的提醒或所谓的“生物标记”，但通常并没有引起人们的注意。
食品不耐受通常是指长期大量食用不耐受食品后，出现症状，但不会威胁生命，但过程较长，涉及到的食谱较多，难以识别诱因，使身体长期处于亚健康状态，增加了患肥胖、重大慢性疾病、心血管疾病、肿瘤等疾病的风险。
两个方面导致了耐性下降：一方面是基因，另一方面是饮食。
食品不耐受与遗传密切相关，双亲或父母中的一方为食物不耐受体质的婴幼儿，其食物不耐受患病的可能性高于其他婴幼儿。
即使基因测试结果是阴性的，过量摄入食物通过影响基因的表达也会导致不耐受性，而单餐饮食则不会，但多年来的饮食习惯会影响基因表达。
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